Pierwsza pisana wzmianka o istnieniu cerkwi w Siemiatyczach pochodzi z pierwszej polowy XV wieku. Data fundacji cerkwi w źródłach pisanych wymieniana jest jako rok 1431 i przez niektórych badaczy jest podważana. Analizując dzieje rodu Sudymontowiczów rok fundacji zasługuje na wiarygodność. W 1456 r. syn Aleksego Kmity, Michał Kmita Sudymontowicz, wyremontował zbudowaną przez ojca cerkiew i fundował dodatkowo grunta orne i łąki w uroczysku Gryczówki o nazwie Myszkowo. Następnie córka Michała Aleksandra, po mężu Tęczyńska, w 1513 r. ponownie potwierdziła prawa siemiatyckiej cerkwi, dane jej przez dziadków. Z jej zapisów wynika również, że istniała kaplica Św. Anny.
Dokument erekcyjny cerkwi pochodzi z 1431 r. i czytamy w nim: cerkow w Siemiaticzach na gore nad rekoju Muchowcem meżdu dorogami Czetygowskuju [Czartajewskoju] i Cechanowieckoju sediba sweszczennika nad tojuż reczkoju Muchawiec do dorogi Cechanoweckoj i ze sadibami dwoma i z morgami szestoma na gorode i zabudowano na tych morgach cerkownych so sluziteli do cerkwe należaczi z zabudowanem należaczi, kotaryj majut należaszczi służbu cziniti den, jeden w sedmicu.
Po unii brzeskiej 1596 roku cerkiew w Siemiatyczach pozostawała prawosławną do 1614 roku. Właściciel miasta Lew Sapieha, jako wielki kanclerz Księstwa Litewskiego, propagował unię kościelną wśród swoich poddanych. „Prezenta” z 1627 r. brzmi tak: prezentu dana królem według prawa patronatu pod warunkiem, że w Siemiatyczach będzie utrzymana unia. Lew Sapieha fundował także w Siemiatyczach cerkiew i uposażył ją w dobra we wsi Rogawka i Sytki. „Wizyta generalna” z 1726 r. tak opisuje cerkiew: … pod tytułem Troycy Przenayśw… cerkiew drewniana. Na podgórku Cmętarz ma wkoło oparkaniony z dwoma… Dzwonica osobno od Cerkwie słusznie opatrzona. Dach na cerkwie gatowy ieszcze się trzyma, kopuł dwie starych z krzyżami iuż opadających… Carskie Drzwi Snicerskiey Roboty pod pozłoto oprawne między kolumny porządne…
Do cerkwi należały trzy włóki gruntu oraz czwarta włóka we wsi Boratyniec. Do parafii należały miasto Siemiatycze i wsie: Słochy, Klekotowo, Stare Słochy alias Ogrodniki, Wołka, Ogrodniki Turniewskie, Turna, Wieś do Turnej należąca, Boratyniec Ruski, Moszczona Młynarze, Baciki Bliższe, Srzednie, Baciki Zadnie, Czartaiewo, Weremeyki, Hrycki, Czeczele, Klukowo, Rogawka. Ogólna liczba domów 425, zamieszkałych przez 2.511 osób.
Następna zachowana „Wizyta” z 1789 r. informuje, że cerkiew Piotra i Pawła w Siemiatyczach jest już pod wezwaniem Śww. Apostołów Piotra i Pawła y S. Paraskiewy. Sama cerkiew… sytuowana stara Drewniana, okien wszystkich w cerkwi 8… Przy tey Cerkwi przystawione iest kruchta z Drzewa… Do parafii siemiatyckiej należała kaplica w Moszczonej, dzisiaj nazywana Św. Górą Grabarką, i pozostawała w niej do chwili utworzenia tam w 1947 r. monasteru żeńskiego.
Okres unicki w życiu parafii to czas bezustannego ubożenia parafii, a co za tym idzie i świątyni parafialnej, mimo dynamicznego rozwoju miasta, szczególnie za rządów Anny Jabłonowskiej. Po powrocie unitów do Kościoła prawosławnego (1839 r.) cerkiew przedstawiała obraz ubóstwa. 29 kwietnia 1865 r. nastąpiło poświęcenia kamienia węgielnego pod nową cerkiew, a 6 listopada 1866 r. konsekrowano ją pw. świętych apostołów Piotra i Pawła i św. Paraskiewy. Nowa cerkiew w formie krzyża została wzniesiona obok starej, drewnianej. Wzbogaciła się w wiele cennych ikon i w różne utensylia.
W 1905 r. parafia liczyła 5.177 wiernych, istniały dwie szkoły cerkiewno-parafialne i dziesięć szkół gramoty, w których naukę pobierało 324 uczniów. Parafia posiadała 82 dziesięciny gruntów. W 1908 r. cerkiew wzbogaciła się o nowy ikonostas wykonany w Grodnie. Sama zaś parafia wykazywała tendencje szybkiego rozwoju i przed wybuchem I wojny światowej osiągnęła 6.625 osób, zamieszkałych w 22 okolicznych wsiach.
W sierpniu 1915 r. większość parafii ewakuowała się do Rosji, a opuszczona cerkiew została zamieniona na budynek gospodarczy. W okresie międzywojennym Siemiatycze otrzymały status etatowej parafii, a jej duchowni roztaczali opiekę duszpasterską nad wiernymi także poza jej granicami. W tym czasie Siemiatycze były siedzibą dziekana okręgu siemiatyckiego Diecezji Grodzieńsko-Nowogrodzkiej.
Okres II wojny światowej przyniósł dezorganizację życia parafialnego, ofiary w ludziach i wielkie straty materialne. W 1952 r. Siemiatycze podniesione zostały do rangi miasta powiatowego, co spowodowało wzrost liczby mieszkańców. Przypadające w 1966 r. 100-lecie cerkwi, stało się okazją do wzbogacenia świątyni o nowe ofiary rzeczowe. Wybuch pożaru l maja 1973 r. zniweczył poprzednie remonty, lecz z drugiej strony zobowiązywał do ponownego wysiłku. Wiele ikon zostało odrestaurowanych, a sama cerkiew wzbogaciła się o nowe ofiary. W 1982 r. parafia przystąpiła do budowy nowego murowanego domu parafialnego z baptysterium, którego budowę ukończono w 1990 r. W dniu święta parafialnego poświęcono dom i cerkiew św. męczennika młodzieńca Gabriela. W tym też roku przystąpiono do kapitalnego remontu zewnętrznego i wewnętrznego świątyni. W jego trakcie wymieniono wszystkie stropy oraz stolarkę okienno-drzwiową na nową dębową. Wykonano tynki zewnętrzne i wewnętrzne, zainstalowano nową instalację elektryczną, nagłośnieniową i alarmową. Drewnianą podłogę zamieniono na posadzkę betonowo-lastrykową, pod którą położono system ogrzewczy. Odnowiono wszystkie ikony w ikonostasie, a cała konstrukcja została poddana gruntowej renowacji, natomiast ramy ikon, carskie wrota i elementy ornamentowe zostały pozłocone. Uwieńczeniem prac remontowych było wykonanie polichromii w całym wnętrzu świątyni. Posesja parafialna od strony cerkwi została otoczona parkanem z cegły.
W roku 1991 we wschodniej części miasta zwanej „Zamoście” przy ul. Sikorskiego, parafia zakupiła l ,05 ha ziemi z przeznaczeniem pod budowę nowej cerkwi. Przystępując do realizacji powyższego przedsięwzięcia w dniu 15 lipca 1992 r. z cerkwi parafialnej na miejsce nowej lokalizacji w kilkutysięcznej procesji został przeniesiony, poświęcony i ustanowiony duży krzyż a w ślad za tym zostało odprawione dziękczynno-błagalne nabożeństwo „W naczale wsiakaho dobraho dzieła”. Na mocy postanowienia zebrania parafialnego do końca lipca zostały wykonane fundamenty pod cerkiew tymczasową.
Z błogosławieństwa J.E. Wielce Błogosławionego Bazylego na nowy plac został przeniesiony stary dom parafialny i z jego materiału zbudowano tymczasową cerkiew pw. św. proroka. Eliasza. Pierwsza św. Liturgia w nowej świątyni została odprawiona w dniu św. Paraskiewy Serbskiej 27 października 1 992 roku. Od tego momentu na terenie parafii regularnie były sprawowane 4 św. Liturgie: 2 w cerkwi parafialnej i po jednej w cerkwi św. Eliasza oraz w filialnej pw. „Nie ręką ludzką uczynionego Obrazu Zbawiciela” w Rogawce.
W roku 1994 parafianie z Boratyńca Ruskiego oraz Stacji Kolejowej Siemiatycze ofiarowali dla parafii 4,66 ha ziemi pod budowę nowej cerkwi. Na ofiarowanej ziemi rozpoczęto budowę cerkwi pw. Św. Anny wg projektu inż. archit. Michała Bałasza.
W dniu 22.08.1994 r. z błogosławieństwa J.E. Metropolity Bazylego J. Ekscelencja Lubelsko-Chełmski Bp Abel na fundamentach budującej się cerkwi odprawił pierwszą św. Liturgię i poświęcił kamień węgielny.
Przełomowym okresem w życiu parafii był rok 1996. Dekretem J.E. Metropolity Bazylego z dnia 16.08.1996 r., z dotychczasowej parafii zostały utworzone cztery samodzielne placówki. Oprócz dotychczasowej parafii śww. App. Piotra i Pawła powstały trzy nowe: przy cerkwi św. Eliasza w Siemiatyczach parafia Zmartwychwstania Pańskiego, przy dotychczas filialnej cerkwi we wsi Rogawka oraz przy budującej się cerkwi w Boratyńcu Ruskim.
W milenijnym 2000 r. bardzo ważnym i duchowo budującym wydarzeniem było przybycie do naszej Cerkwi w Polsce ze św. G. Atos kopii Cudotwórczej Iwierskiej ikony Bożej. Parafia nasza dostąpiła zaszczytu jako pierwsza na Podlasiu spotykania tej Świętości. Uroczystość miała miejsce 17.08.2000 roku. Dobę ikona przebywała w naszej świątyni parafialnej, bezustannie adorowana przez duchowieństwo i wiernych. W wigilię święta Przemienienia Pańskiego 18.08. po głównej Liturgii świętej, której przewodniczył J.E. Wielce Błogosławiony Sawa w asyście biskupów z Polski i Brazylii, w wielotysięcznej procesji została odniesiona do miejsca swego przeznaczenia na św. G. Grabarkę.
W roku 2001 miały miejsce bardzo ważne wizyty arcypasterskie:
w dniu 19.01. w święto Chrztu Pańskiego świąteczną Liturgię odprawił oraz dokonał poświęcenia wody na siemiatyckim zalewie J.E. Wielce Błogosławiony Metr. Sawa,
w dniu święta parafialnego śww. App. Piotra i Pawła, świętą Liturgię sprawował J. Ekscelencja Bp Bielski Grzegorz,
w dniu 18.08 po drodze na św. G. Grabarkę naszą parafię odwiedził Jego Świątobliwość Patriarcha Aleksandryjski i całej Afryki Piotr VII. Dostojnemu Gościowi towarzyszył Zwierzchnik naszej Cerkwi, oraz Dostojnicy obu Cerkwi
29.08 J.E. Wielce Błogosławiony Metropolita Sawa ponownie przybył do naszej parafii celem odprawienia uroczystego nabożeństwa (molebna) przed rozpoczęciem nowego roku szkolnego,
28.09 z krótką wizytą na terenie parafii przebywała delegacja Greckiej Cerkwi Prawosławnej pod przewodnictwem J. Ekscelencji Euzebiusza Metropolity Samozu i Ikarii. Delegacji towarzyszył Zwierzchnik naszej Cerkwi, niestrudzony Metropolita Sawa.
Z błogosławieństwa J.E. Metropolity Sawy w 2003 r. parafia przystąpiła do prac związanych z modernizacją dachu cerkwi parafialnej. Projekt przebudowy opracował białostocki architekt Michał Bałasz. Wykonanie zadania zostało zlecone firmie „Anatex” z Białegostoku, której właścicielem jest pan Anatol Chomczyk. Z błogosławieństwa Ordynariusza Diecezji a zarazem Zwierzchnika Cerkwi w dniu patronalnego święta główną św. Liturgię celebrował oraz poświęcił 7 nowych kopuł i 9 krzyży Ordynariusz Diecezji Lubelsko-Chełmskiej J. E. Abel. Dach cerkwi został pokryty blachą miedzianą, zaś w dniu 01.08 kopuły wraz z krzyżami osadzone na swoim miejscu.
W tym też roku parafia przystąpiła do realizacji przedsięwzięcia budowy na terenie parafii nowej cerkwi w miejscowości Słochy Annopolskie. W dniu 13.XI została podpisana z firmą „Anatex” umowa, dotycząca wykonania fundamentów z podpiwniczeniem do tzw. stanu zerowego zaś w dniu 18.XI już rozpoczęto wykopy.
Poświęcenie kamienia węgielnego budującej się cerkwi dokonał J.E. Wielce Błogosławiony Sawa w dniu 15.05.2004 roku. Uroczystościom nadano bardzo podniosłą oprawę.
J.E. Wielce Błogosławiony Sawa zaszczycił parafię Swoją obecnością również w dniu dorocznego święta śww. App. Piotra i Pawła 12.VIII.2004. W dniu 12-13.XI. 2004 r. w obu świątyniach siemiatyckich miał miejsce I-y Siemiatycki Przegląd Pieśni Religijnej i Paraliturgicznej. W Przeglądzie wzięło udział 12 chórów po 6 w każdym dniu.
W lipcu 2006 roku parafia przystąpiła do całkowitej przebudowy kamiennego ogrodzenia wokół cerkwi parafialnej. Ze względu na wielkość przedsięwzięcia (ok. 300 mb) jak też możliwości finansowe parafii, zakres prac podzielono na 3 lata (2006-2008). Zadanie wykonały firmy Jerzego Owsiejczyka oraz Wiesława Szerszunowicza z Zabłudowa.
Wielce historycznym i znaczącym wydarzeniem w życiu cerkiewnym jawi się wybór przez Sobór Biskupów PAKP w dniu 28.XI.2006 r. o. Archimandryty dra Jerzego Pańkowskiego, namiestnika Stauropigialnego Monasteru ś w. Onufrego Wielkiego w Jabłecznej na biskupa Siemiatyckiego. Chirotonia o. Archimadryty Jerzego odbyła się w katedrze metropolitalnej św. Marii Magdaleny w Warszawie w dniu 28.1.2007 roku. Nasza cerkiew parafialna pw. śww. App. Piotra i Pawła została nieoficjalnie podniesiona do miana tytularnej katedry biskupa siemiatyckiego. Liturgię prymicyjną w Siemiatyczach J.E. Bp Jerzy sprawował w święto Spotkania Pańskiego 2/15.II.2007 roku. Po Liturgii św. Bp Jerzy złożył oficjalne wizyty w Starostwie Powiatowym oraz Urzędzie Miasta. Rozpoczął się nowy rozdział nie tylko w życiu parani lecz także miasta i okręgu.
W roku 2008 została zakończona przebudowa ogrodzenia cerkiewnego, wybudowano nowy budynek sanitariatów oraz wykonano remont kapitalny stróżówki przycerkiewnej. W latach 2008-2009 kontynuowano budowę cerkwi w Słochach Annopołskich. W tym okresie zakończono budowę ścian, zalano stropy oraz wykonano więźbę dachową. W 2010 rozpoczęto krycie dachu świątyni. W dniu patronalnego święta w cześć św. Równej Apostołom Marii Magdaleny, J.E. Wielce Błogosławiony Metropolia Sawa odprawił 1-szą pontyfikalną św. Liturgię w budującej się cerkwi oraz uroczyście poświęcił 7 kopuł i tyleż krzyży mających uwieńczyć dach świątyni. W dniu 30.IX.2010 r., po odprawieniu przez duchowieństwo parafialne dziękczynnego molebna, kopuły pokryte „złotą” blachą wraz z wieńczącymi je krzyżami zostały posadowione na swoje miejsce. W roku 2011 planowane jest wstawienie stolarki okienno-drzwiowej oraz wykonanie trwałego ogrodzenia placu cerkiewnego.
W szczególnej, duchowo podniosłej atmosferze świętowano w 2010 roku w obu siemiatyckich świątyniach, ale też i w całym okręgu święto Paschy Chrystusowej. W noc paschalną bezpośrednio ze świątyni Grobu Pańskiego w Jerozolimie został przywieziony przez J.E. bpa Jerzego święty Ogień Wielkiej Soboty. W noc paschalną wielotysięczne rzesze wiernych oby wyznań z Siemiatycz jak też delegacje poszczególnych parafii z całego Podlasza procesyjnie z lampionami w rękach zgromadzili się w centrum miasta aby spotkać arcypasterza przywożącego na naszą ziemię symbol cudu Zmartwychwstania Chrystusa.
W dniu 17.VIII.2010 r. w podniosłej atmosferze spotykaliśmy na terenie naszej parafii Dostojnych Gości w Osobach Jego Świątobliwości Ekumenicznego Patriarchy Konstantynopola Bartlomeusza I oraz Zwierzchnika naszej Cerkwi w Polsce J.E. Wielce Błogosławionego Sawę wraz z towarzyszącymi Im Osobami. Cel przybycia do Siemiatycz Dostojnych Gości to poświęcenie nowobudowanej, okazałej cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego w naszym mieście, które miało miejsce nazajutrz.
Wszystkie te wielce znaczące, historyczne wydarzenia wpływają mobilizująco na świadomość i zachowanie wiernych Cerkwi Prawosławnej oraz podnoszą duchowość społeczną.
w sierpniu 2014 roku dokonano poświęcenia cerkwi pw. Świętej Równej Apostołom Marii Magdaleny w Słochach annopolskich . Poświęcenia cerkwi dokonał zwierzchnik PAKP Jego Eminencja Metropolita Sawa wraz z członkami Soboru Biskupów PAKP. faktem, który pogłębił radośc była obeccnośc relikwi patronki tejże cerkwi, które przybyły z Monasteru Simonopetra ze Św. góry Athos.
Wśród obecnych gości byli Jego Ekscelencja bp drohiczyński Tadeusz Pikus wraz z bpem seniorem Antonim Pacyfikiem Dydyczem.
W 2017 roku dotychczasowy biskup siemiatycki Jego Ekscelencja Jerzy ( Pańkowski ) został ordynariuszem Diecezji Wrocławskiej i Szczecińskiej. Poprzedni ordynariusz abp Jeremiasz zmarł 17 kwietnia 2017 roku.
Na nadzwyczajnej sesji Soboru Biskupów PAKP na biskupa siemiatyckiego wybrano ks. archimandrytę dr. hab Warsonofiusza ( Doroszkiewicza).
Chirotonia nowego biskupa miała miejsce 8 października 2017 roku w cerkwi parafialnej. Było to historyczne wydarzenie , ponieważ w wielowiekowej historii tejże parafii była to pierwsza chirotonia prawosławnego biskupa.